Bergens Sjøfartsmuseum er kjent for sine forskningsresultater. I tillegg til å utgi Sjøfartshistorisk årbok, har museet vært involvert i en rekke forskningsprosjekt i årenes løp. Det mest omfattende var fembindsserien Handelsflåten i krig (1995). Museet har også utgitt fem bind av «Bergen og sjøfarten», og det sjette bindet i serien er nå under planlegging.
Forskning er et prioritert område for Bergens Sjøfartsmuseum, og målsetningen er blant annet tettere samarbeid med Universitetet i Bergen og andre relevante forskningsinstitusjoner nasjonalt og internasjonalt.
Museet er også spesielt opptatt av å få flere masterstudenter til å skrive om sjøfartshistoriske tema. Gjennom Norsk sjøfartshistorisk forskningsfond tilbyr Bergens Sjøfartsmuseum stipend til masterstudenter det siste året av studiene.