Museet har to utstillinger viet tamatikken, en om treskipsbygging (1. etasje) og en om jernskipsbygging (2. etasje).
Norges mest betydelige treskipsbygger i annen halvdel av 1800-tallet, Ananias Dekke, var bergenser. Etter endt utdanning i USA revolusjonerte han, sammen med Jens Gran, skipsbyggingen i bergensområdet. 1856 gikk klipperen Hebe av stabelen som Dekkes mesterstykke. Modell og spantemodell kan ses i utstilling.
I Bergen har det vært bygget skip av metall siden 1857, og Bergens Mekaniske Verksteder (BMV) var byens viktigste jernskipsverksted. Denne delen av byens skipsbyggingshistorie finner du i museets 2. etasje.